Μετά τον θάνατο των σπουδαίων στρατηγών Πελοπίδα και Επαμεινώνδα, ξεκίνησε η παρακμή της Θήβας. Ο Φίλιππος Β΄στην προσπάθειά του να επεκτείνει την επιρροή του στη νότια Ελλάδα, αντιμετώπισε στη Χαιρώνεια (338 π.Χ.) τους Βοιωτούς και τους Αθηναίους. Οι Μακεδόνες νίκησαν εύκολα και ο πάλαι ποτέ ανίκητος "Ιερός Λόχος" εξολοθρεύτηκε. Προς τιμήν των πεσόντων οι Θηβαίοι έστησαν μαρμάρινο λιοντάρι στη Χαιρώνεια. Έπειτα οι Μακεδόνες εγκαθίδρυσαν ολιγαρχικό πολίτευμα στη Θήβα και δική τους φρουρά στην Καδμεία. Μετά τον θάνατο του Φιλίππου, οι Θηβαίοι έδιωξαν τους Μακεδόνες, αλλά ενώ δεν το περίμεναν, εμφανίστηκε ο Μέγας Αλέξανδρος, ο οποίος δεν έδειξε έλεος και έκαψε συθέμελα την πόλη. Οι κάτοικοι που επέζησαν, αναγκάστηκαν να προσφύγουν σε κοντινές πόλεις, κάποιοι δε έφτασαν μέχρι την Περσία. Η Θήβα ανοικοδομήθηκε (316 π.Χ.) και οι κάτοικοι σταδιακά επέστρεψαν, μετά από απόφαση του νέου βασιλιά των Μακεδόνων, Κάσσανδρου, ωστόσο ποτέ ξανά δεν θα αποκτήσει την παλιά της αίγλη και δύναμη. Οι Θηβαίοι θα ενταχθούν ξανά στο "Κοινό των Βοιωτών", αλλά χωρίς ηγετική παρουσία και τα επόμενα χρόνια θα παραμείνουν ως δορυφόρος των Μακεδόνων, αλλά και των Αιτωλών. Τελικά από τις αρχές του 2ου π.Χ. αιώνα θα ανήκουν στη σφαίρα επιρροής των Ρωμαίων, μέχρι την εποχή που εκείνοι θα ελέγξουν ολοκληρωτικά τον ελλαδικό χώρο. Έκτοτε ως και τα πρώιμα βυζαντινά χρόνια η Θήβα θα βρίσκεται σε παρακμή. Αξιοσημείωτο είναι όμως το γεγονός πως τον 1ο μ.Χ αιώνα θα γνωρίσει τον χριστιανισμό από τον ευαγγελιστή Λουκά και σύντομα θα αποκτήσει τον πρώτο της επίσκοπο.
Τα πρώτα βυζαντινά χρόνια θα χτιστούν στη Θήβα νέα κτίρια με όμορφα ψηφιδωτά, ωστόσο θα χτιστούν πάνω στην αρχαία πόλη, με υλικά από τα αρχαία κτίσματα. Ολόκληρη τη βυζαντινή περίοδο η Θήβα θα αποκτήσει σπουδαία οικονομική άνθηση και αποτέλεσε την έδρα του Στρατηγού του Θέματος της Ελλάδας. Στη Θήβα αναπτύχθηκαν μεταξουργεία, βυρσοδεψία, ταπητουργεία και μαζί με τα άφθονα γεωργικά προϊόντα της περιοχής, την κατέστησαν σπουδαία πόλη της αυτοκρατορίας. Σημαντική ήταν και η παρουσία του Αγίου Ιωάννη του Καλοχτένη, ο οποίος τιμάται και ως πολιούχος της πόλης.
Κατά τη Φραγκοκρατία συνεχίστηκε η οικονομική άνθηση και δημιουργήθηκε ο πύργος του Σεντ - Ομέρ που στέκεται εντός του χώρου του αρχαιολογικού μουσείου.
Την περίοδο της Τουρκοκρατίας, η Θήβα θα παραμείνει πλούσια πόλη, αλλά σύντομα θα κατασχεθούν μεγάλα κομμάτια γης από τους Τούρκους και οι βαριοί φόροι που επιβάλουν θα αναγκάσουν τους γεωργούς να εγκαταλείψουν την πόλη και να επιστρέψει ο μαρασμός.
Στην επανάσταση του 1821, η πόλη θα ελευθερωθεί από τον Αθανάσιο Διάκο, αλλά θα καταστραφεί από τον Δράμαλη το 1822. Η Θήβα μετά τη μάχη της Πέτρας (1829), θα αποτελέσει μαζί με την υπόλοιπη Βοιωτία, τμήμα του νεοσύστατου ελληνικού κράτους.
Διαβάστε περισσότερα: Βικιπαιδεία , Δημος Θηβαίων , Βοιωτική διαδικτυακή πολιτισμική εγκυκλοπαίδεια
